HapMap Project

HapMap Project

Haplotype คือ รูปแบบของสารพันธุกรรม (genotype) ที่มีรูปแบบที่แตกต่างกันได้ในกลุ่มประชากรหรือแต่ละบุคคล (Polymorphism) โดยจะเลือกใช้กลุ่มของ DNA (alleles) ที่มีการส่งผ่านไปสู่ลูกหลานเป็น block เดียวกัน เป็นตัวแทนของความหลากหลายข้างต้น
ดังนั้น alleles ที่จะส่งผ่านสู่ลูกหลานเป็น block เดียวกันจะต้องมีลักษณะเป็น “Linkage Disequilibrium-LD” กล่าวคือ block ของ alleles ดังกล่าวจะไม่ถูกแยกออกจากกันโดยกระบวนการ crossing over ในช่วง meiosis

ตัวอย่าง alleles block ที่มีคุณสมบัติข้างต้น เช่น STR (Short tandem repeat) region, SNPs (Single nucleotide polymorphisms)

Haplotype มีความสำคัญหลายอย่าง เช่น
· Haplotype pattern กับการเกิดโรค โดยเฉพาะอย่างยิ่งโรคที่มีลักษณะเป็น multifactorial disease เช่น โรคหัวใจหลอดเลือด, โรคเบาหวาน, โรคความจำเสื่อม (dementia), โรคซึมเศร้า, โรคมะเร็ง เป็นต้น
· บอกหน้าที่สารพันธุกรรมโดยอ้อม เพื่อนำไปสู่ความเข้าใจกลไกการแสดงออกของ gene ที่แท้จริงต่อไป (Indirect implication of its functions)
· สุดท้ายใช้บอกโอกาสที่จะเกิดโรคจาก Haplotype pattern รูปแบบต่าง ๆ

HapMap Project จากความสำคัญของ haplotype จึงมีกลุ่มองค์กรที่คิดรวบรวม haplotype pattern จากฐานประชากรที่มีความหลากหลายทางเชื้อชาติ เพื่อใช้ ทำนายการเกิดโรค, การตอบสนองต่อการรักษา ซึ่งในช่วงแรกเป็นความร่วมมือระหว่างประเทศ ญี่ป่น, สหราชอณาจักร (อังกฤษ), แคนนาดา, จีน, ไนจีเรีย และ สหรัฐอเมริกา (3 กลุ่มเชื้อชาติ African, Asian, European) โดยจะเก็บไว้ในฐานข้อมูลกลางเพื่อให้นักศึกษาวิจัยสามารถแลกเปลี่ยนข้อมูล online
ได้ นำไปสู่ประโยชน์ในการรักษาทางการแพทย์ต่อไป
http://www.hapmap.org/

โครงการนี้เริ่มขึ้น ในปี ค.ศ. 1980 โดยใช้กลุ่มตัวอย่างจากประเทศต่าง ๆ ดังนี้ ไนจีเรีย – 30 คน, ญี่ปุ่น – 45 คน, จีน – 45 คน,
ยุโรปและอเมริกา – 30 คน
Phase I: เริ่มแรกค้นหา SNPs ทุก 5000 bases ได้ SNPs กว่าหนึ่งล้านตำแหน่ง (10% polymorphic) จนถึงปี ค.ศ. 2006 พบ SNPs กว่า 10 ล้านตำแหน่ง (40% polymorphic)
Phase II: จะเพิ่ม SNPs จากเดิมอีกกว่า 2 ล้านโดย Perlegen Sciences และอีกกว่า 5 แสนโดย Affymetrix

หมายเหตุ: SNPs (Single nucleotide polymorphisms) คือ base 1 ตำแหน่งที่แตกต่างกันในกลุ่มประชากรหรือระหว่างบุคคล ซึ่งพบได้ในหลาย ๆ ตำแหน่งบนสาย DNA ทำให้เกิดรูปแบบที่หลากหลาย (Haplotype pattern)
การจะใช้ทุกตำแหน่งของ SNPs เพื่อแยกรูปแบบออกจากกันนั้นยุ่งยากและเสียเวลา จึงเลือกใช้บางตำแหน่งของ SNPs (tag SNPs) ก็เพียงพอในการแยกแต่ละรูปแบบออกจากกัน

……..TAGC………
……..TGGC………
ตัวอย่าง SNPs มี base A และ G ต่างกัน

…..A…..C…..A…..T…..G…..T…..
…..A…..C…..C…..G…..C…..T…..
…..G…..T…..C…..G…..G…..A…..
ตัวอย่าง SNPs 3 รูปแบบ เลือกใช้ tag SNPs AT, AG, GG เป็นตัวแทนแต่ละรูปแบบ